Инструмент для лабораторий · плагин для Fiji
OrganoidsPlugin
Измеряет ранние органоиды мозга по снимкам.
Плагин для ImageJ/Fiji (Java) для автоматического анализа ранних церебральных органоидов по снимкам в светлом поле.
Возможности
Что умеет
Сегментация
Находит эмбриоидные тельца на снимке в светлом поле.
Размеры
Периметр и площадь каждого тельца.
Пакетная обработка
Все снимки папки — за один запуск.
Экспорт в CSV
Одна таблица для R, Python или Excel.
Установка
Собрать из исходников
Нужны Fiji/ImageJ 1.53 или новее и Java 8 или новее. Готовой сборки плагина пока нет — его собирают из исходного кода:
- Скачайте файл
OrganoidsPlugin.javaиз репозитория. - В Fiji откройте меню Plugins → Compile and Run… и выберите этот файл — плагин скомпилируется и запустится.
- Укажите папку со снимками и папку, куда сохранить таблицу CSV.
Связь с лекцией
Органоиды из выпуска 1
Этим плагином измерены данные о росте органоидов из выпуска 1.
Лицензия
Свободное использование с указанием автора. Текст лицензии из README репозитория:
© 2025 Evgenii Kachkin
This plugin is provided free of charge for any use—academic, commercial, or personal. You are welcome to:
- Use it in your own work.
- Modify the source code.
- Distribute copies, including your modified versions.
In return, please:
- Credit the original author (Evgenii Kachkin) in your documentation or code headers.
- Contribute back any bug fixes or enhancements via pull requests to https://github.com/puerhmaster/OrganoidsPlugin.